Hahnemann experimentierte auch mit der Dosierung der Arzneisubstanzen. Einerseits um die potenzielle Giftigkeit der Ausgangssubstanz zu reduzieren, andererseits um die Reizstärke zu variieren, begann er die Substanzen mit einem neutralen Medium zu verdünnen und alles intensiv zu vermischen. Dieser Schritt lässt sich beliebig oft wiederholen. Feste und/oder unlösliche Ausgangssubstanzen wurden mit Milchzucker in einem Mörser verrieben, flüssige und/oder lösliche Arzneistoffe wurden in einem Wasser-Alkohol-Gemisch verschüttelt.
Mit der Zeit merkte Hahnemann, dass er damit noch etwas anderes, ursprünglich gar nicht beabsichtigtes, erreichte: bei der Arzneimittelprüfung mit verriebenen oder verschüttelten Substanzen zeigten sich noch einmal ganz andere Symptome, viel subtilere Veränderungen des Befindens wurden sichtbar, die Arzneimittelbilder dadurch wesentlich vielschichtiger und umfangreicher.
Aber auch die Wirksamkeit bei der Anwendung am Kranken wurde nicht weniger oder hörte ab einer bestimmten Verdünnungsstufe gar ganz auf – im Gegenteil: die Wirkkraft nahm immer mehr zu. Deshalb nannte Hahnemann den Vorgang der Verdünnung und intensiven Vermischung „Potenzierung“ (Kraftentfaltung), die entstandenen Arzneimittel „Potenzen“.
Die Bezeichnung unterschiedlicher Potenzen folgt einem klaren Schema. Einerseits gibt es unterschiedliche Potenzreihen, je nachdem, in welchem Verhältnis Ausgangssubstanz und Verdünnungsmittel vermischt werden. Die häufigsten sind die D- und die C-Reihe, wobei D für dezimal (Verdünnungsverhältnis 1:10) und C für centesimal (Verhältnis 1:100) steht. Andererseits sind den Buchstaben auch Zahlen nachgestellt. Diese bezeichnen die Anzahl der erfolgten Potenzierungsschritte.
Wird eine Ausgangssubstanz 1:100 mit dem neutralen Medium verdünnt und intensiv vermischt, entsteht die Potenz C 1. Nimmt man ein Teil dieser Potenz C 1, verdünnt ihn mit 100 Teilen des neutralen Mediums weiter und vermischt alles intensiv, gelangt man zur C 2. Hat man also eine Potenz C 30, bedeutet das, dass der Potenzierungsvorgang 30 mal mit einem Verdünnungsverhältnis 1:100 durchgeführt wurde.
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